삼육대 대학원은 2017학년도 1학기부터 대학원 박사과정 설치학과(신학과, 상담심리학과 제외)에 석·박사 통합과정 설치했다.

석·박사 통합과정은 대학원의 석사 2년 과정, 박사 3년 과정을 통합하여 4년 안에 박사학위를 취득할 수 있는 과정이며 석사학위 취득요건을 완료한 후 중도 포기할 경우 석사학위를 수여받을 수 있다.

통합과정 설치학과는 사회복지학과, 약학과, 물리치료학과, 간호학과, 보건학과, 중독과학과, 환경원예학과이다.

1회의 입학전형·논문작성으로 최종 박사학위를 취득할 수 있어서 석사, 박사 학위과정을 각각 이수하는 것보다 박사학위 취득 기간을 단축할 수 있는 장점이 있다.