일반대학원

1981년에 시작된 삼육대학교 대학원은 대한민국과 우리 대학교의 교육이념에 따라 기독교세계관을 바탕으로 한 학문의 수월성 교육과 전인적 인성교육을 균형지게 실시하여 "미션(Mission), 비젼(Vision), 열정(Passion)을 지닌 창의적 지식인" 양성을 교육목적으로 한다. 일반 대학원은 인문사회, 자연과학, 예체능 등 3개 계열 총 16개 학과에서 50개의 석사과정 전공과 44개의 박사과정 전공을 운영하고 있으며, 고도의 학술적 연구를 통해 신앙과 인성, 그리고 전문지식을 겸비한 고급 인력을 양성하는 최고의 교육기관으로 역할을 다하고 있다.

신학대학원

신학대학원은 한국재림교회의 운명을 책임질 미래의 목회자와 신학자, 그리고 교회의 지도자를 양성하는 최고의 교회정책 교육기관입니다. 신학의 다양한 영역을 전공할 수 있는 석사학위 과정(M.Div)을 두고 있습니다. 기독교 정신에 입각한 신학교육을 수행함에 있어 성서에 기초한 신학의 학술이론과 그 응용방법을 더욱 심도 깊게 연구할 뿐만 아니라 효과적인 실천을 강조합니다.

경영대학원

경영대학원은 급변하는 경영 환경에 효과적으로 적응하고 성장·발전할 수 있도록 영리·비영리 조직의 경영에 필요한 경영원리를 교육하고 올바른 리더십을 개발하는데 역점을 두고 있습니다. 조직의 경영자와 관리자에게 필요한 최신 경영 및 정보과학이론, 경영혁신법과 경영사례를 교육하고 지도력을 배양함으로써 이론과 실제를 겸비한 전문가를 양성합니다.

임상간호대학원

임상간호대학원에는 임상전문간호학과가 개설되어 있습니다. 간호의 궁극적 목적인 건강은 신체적, 사회적, 정신적, 영적인 모든 측면에서의 안녕을 의미합니다. 이를 위해 본 대학원에서는 상급간호이론과 실무지식을 탐구·활용하여 국민건강에 기여하는 상급간호실무자, 교육자, 관리자 및 연구자로서의 능력을 갖춘 전문간호사를 양성합니다.